関ヶ原の戦いで勝利した徳川家康は長束正家が城主だった水口岡山城を破壊。
水口は徳川家の直轄地となりました。やがて東海道の宿場町として整備され、3代将軍・徳川家光が、京都への上洛用宿として水口城を築かせました。今度は山城ではなく平城です。作事奉行は茶道や庭造りで有名な小堀遠州で、本丸には豪華な御殿が作られましたが、御殿が将軍の宿舎として使われたのは、結局、家光の上洛1回限りだったようです。何とももったいない話。
賤ヶ岳・七本槍の一人である加藤嘉明の孫が近江水口藩の初代藩主となり、途中、少し交代もありましたが、加藤家が幕末まで続きました。水口城の御殿は将軍宿所として作られたこともあり、藩庁などとして使うのは抵抗があったのか、二の丸に建てた藩庁で政務が行われました。
結局、100年ほど経ったころ、本丸の御殿は壊され、空き地のまま明治維新を迎えます。今は水口高校のグラウンドになっています。二の丸は市街化でなくなってしまいましたが、出丸があった部分に水口城資料館が造られています。
湧水を利用した堀に青い水をたたえていたことから、別名「碧水城」と呼ばれていましたが、堀の水はかなり濁っていました。城を取り囲む堀は残っていますが、石垣は乾櫓の跡など一部だけを残し、近江鉄道の線路敷設に使用されたようです。すぐ近くに近江鉄道・水口城南駅があります。