宇陀三将の一人である秋山氏が居城として築いたのが最初で当時は秋山城と呼ばれていました。豊臣政権となってから城主がいろいろと変わり山城から近代的な城郭へと改修されていきます。
関ケ原の戦いの後、福島正則の弟である福島高晴が城主となりましたが、大坂夏の陣で豊臣方に内通したと福島高晴は改易されます。宇陀松山城は廃城となり小堀遠州らが城割（城を壊すこと）を行いました。
平成になってから発掘調査が行われ主郭などが総石垣で造られていたことが明らかとなり整備されました。今は城までハイキングコースになっていて主郭からは宇陀の街並みを見ることができます。
柿本人麻呂が「ひむがしの野にかぎろいのたつ見えて かへりみすれば月かたぶきぬ」と歌った阿騎野が今の大宇陀になります。