明智光秀は丸岡城（余部城）を拠点にしていましたが新たに荒塚山と呼ばれる小高い丘に丹波亀山城を築城します。JR亀岡駅のすぐ近くです。丹波攻略の拠点にするため城下町を整備し総構えになっていました。本能寺の変で光秀が出立したのがこの丹波亀山城です。
その後、城主がいろいろと変わり、小早川秀秋によって修築され、家康の時代になると天下普請により藤堂高虎の縄張りによって近世城郭となりました。現在の城はこの当時のものですが、石垣の下の方は野面積みになっていて光秀か小早川の時代の石垣でしょう。途中から打込み接ぎになっていて変遷を楽しめます。
大正時代に荒れ放題になっていて売りに出された丹波亀山城を買ったのが亀岡生まれで大本の教祖となる出口王仁三郎です。太平洋戦争中は軍部から迫害を受けてせっかく整備した丹波亀山城も破壊されましたが、戦後に石垣などを積みなおし再整備しました。今、中心部は宗教施設になっていますが、総合受付で入館券を購入すれば天守台近くまで行けます。