畝傍山から香具山を目指して東へ。途中にあるのが本薬師寺跡です。といっても跡地が拡がっているだけです。東西に2つの塔があり、金堂がある薬師寺と同じ伽藍になっています。平城京への遷都で西の京へ移築され薬師寺になったと言われていましたが、そうとも言えるし新たに西の京で薬師寺が作られた痕跡もあり、移設したのか別に作られたのか、よう分かっていません。ただ西の京の薬師寺と区別するために本薬師寺と呼ばれています。
金堂があった場所には小堂が建っていて、その前に金堂の礎石などが並べられています。塔の向こう側に畝傍山をみることができます。