本薬師寺跡から東へ向かうと香具山の麓に紀寺跡があります。紀とついているので紀氏の氏寺と考えられています。紀氏は生駒郡平群町にあった紀里出身の古代豪族で紀氏の有名人といえば古今和歌集や土佐日記で有名な紀貫之ですね。
紀寺のある場所は藤原京の左京8条2坊全域（4町）で発掘調査で金堂跡、講堂跡、回廊および南門跡が見つかり、南門・中門・金堂・講堂が一直線に並んでいました。四天王寺式の伽藍配置ですが、実際に本当の紀寺かどうかはよく分かっていません。
平城遷都で移転し、元興寺の南にある璉珹寺が紀寺跡と言われていますが、こっちも本当かどうかわかっていません。