水攻めというと秀吉による備中高松城、紀州太田城、武蔵忍城城が有名ですが、肥田城でも行われました。六角氏側についていた高野瀬氏ですが、敵対していた京極氏を取り込んで勢力を伸ばしていた浅井氏へ鞍替えします。
肥田城を六角義賢が水攻めします。肥田城を囲む形で長さ6.3キロメートルの堤防を築き、宇曽川と愛知川の水を引き込んで水攻めしました。秀吉の備中高松城水攻めより23年前のことになります。ところが堤が増水に耐えられず決壊して失敗しました。これは忍城と同じですね。
浅井長政が救援にかけつけ肥田城の西にある野良田一帯で六角氏とぶつかり（野良田表の合戦）勝利します。これで浅井の勢力が拡がります。肥田城近くに水攻めで使った堤の一部が残っています。
浅井長政が信長によって滅びると高野瀬氏は柴田勝家に仕えますが越前一向一揆に敗れて自害し、ここに高野瀬氏嫡流は断絶となります。