1571年（元亀2年）に比叡山焼き討ちが行われた後、織田信長が光秀に近江国滋賀郡を与え、比叡山延暦寺の監視と琵琶湖の制海権をおさえるように命じました。この時に造ら得たのが坂本城で琵琶湖に面した水城で、城から船で安土に向かうことができました。大河ドラマ「麒麟がくる」でも出てきましたね。現在は石垣の一部が琵琶湖に残っています。
坂本城は宣教師ルイス・フロイスが安土城につぐ天下第二の城と評した城でもありました。織田信長が安土城を造る前に天守の試作をしたようで大天守（信長用）と小天守（光秀用）の2つがあったとみられています。
本能寺の変の後も秀吉の城として使われましたが、やがて新たに大津城を造ることになり廃城となり、資材は大津城築城に使用されます。大津城は関ケ原の合戦の舞台となりましたが、こちらも廃城となり、家康は新たに膳所城を築り明治まで残りましたが、現在は碑だけになっています。