打下城から尾根道を下ると琵琶湖を一望できる別の丘陵があり、ここにあったのが山岳寺院・長法寺跡。昭和31年に地元の高島高校・歴史研究部によって再発見されました。寺の最古の記録が1205年（元久2年）に出てきますので鎌倉時代ですね。
鎌倉、室町と続き織田信長の焼き討ちで長法寺は廃絶したと伝わっていますが焼き討ちされた跡などは見つかっていません。ただ戦国時代頃には寺は廃絶し、その後は再発見されるまで山の中に眠っていたようです。
長法寺跡は整備されており広大な敷地にたくさんの坊跡が残っています。また石垣は自然石を積み上げた野面積の石垣が多様されています。こういった寺院の石垣技術が戦国時代の城郭に取り入れられていきます。それにしても山の上にこんな広大な寺をよく作ったものです。